Klazomenai antik kentinin kalınrıları Urla'nın İskele mahallesinde bulunmaktadır. Şu anda kazılar halen devam etmektedir. Bir kısmı Karantina Adası üzerinde bulunmaktadır. Çıkarılan önemli kalıntılardan birisi de o devirlerde kullanılan bir zeytinyağı fabrikasıdır. Ağaçlı yolun (Mithat Paşa Caddesi) İskele tarafında batısında bulunmaktadır. Klazomenai M.Ö.188 de, Roma'nın Pergamon Krallığı'nın müttefiki olarak yer aldığı, Suriye Krallığı ile yapılan Apemai barışından sonra, Romalı'lar tarafından özgür bırakılan şehirler arasındadır.Ayrıca Drymussa (Uzunada) Adası'da Klazomenai'a eklenmiştir. Arkeolojik bulgular Klazonmenai Kentinde yerleşimin en geç M.S. 5. Y.Y. başlarına kadar devam ettiğini göstermektedir. Bizans döneminde Piskoposluk listesinde adı geçen Klazomenai kentinin bazı arkeolojik deliller işiığında eski kent arazisi içinde kalan ve günümüzde Gülbahçe olarak adlandırılan yerde bulunmaktadır.
Helenistik-Roma döneminde anakara boşaltılmış ve Karantina Adası'ndaki yerleşim önem kazanmıştır. Karantina Adası'nın doğu kıyısındaki modern plajın içerisinde Helenistik-Roma dönemi villaların duvarları ve deniz içindeki temelleri gözlenebilmektedir. Adanın kuzeyindeki tepenin en yüksek noktasında bir tapınak bulunmaktadır. Bu tapınağın terasının kuzeyindeki bir yığıntıdan Arkaik dönem oturan kadın heykelciklerinin Helenistik dönem kopyaları elde edilmiştir.
Karantina Adası'nda çıkarılan çeşitli arkeolojik eserlerden yerleşimin M.S. 5. Y.Y.'a kadar devam ettiğini göstermiştir.
Türkler 1071 Malazgirt Savaşından sonra Anadolu'ya daha sistemli bir şekilde yerleşmeye başlamışlardır. Kendi Türk-İslam kültürlerini Anadolu'da yerleştirmiş ve karşılıklı kültür alışverişiyle Anadolu uygarlığı ortaya çıkmıştır. Bu şekilde Anadolu'da ilk büyük Türk Devleti Anadolu Selçukluları olmuştur.
Türklerin Ege Denizine ve İzmir'e ulaşması 1080 li yıllarda Çaka Bey tarafından gerçekleştirilmiştir. İzmir artık bir Bizans şehiri değil bir Türk şehri olmuştur. Çaka Bey Türklerin ilk donanmasını da kurmuştur. Bu sayede kıyı şehirlerini de ele geçirmiştir. Bu şehirler arasında Klazomenai'de vardır. Çaka Bey'in kurduğu beylik kendi ölümüyle birlikte dağılmıştır. Bu tarşhten sonra iki yüzyıl kadar Batı Anadolu'da Türk - Bizans mücadelesi olmuştur.
1243 yılında Anadolu' giren Baycu Noyan komutasındaki Moğollar Anadolu Selçuklular'ın zayıflamasına sebep olmuştur. Anadolu Selçuklular'ın 1308 yılında yıkılmasıyla Anadolu'da beylikler dönemi başlamıştır.Bu beyliklerden Aydınoğulları Beyliği Batı Anadolu'da kurulmuştur. Aydınoğulları Beyliği 1308 yılında Germiyanoğulları Beyliği Subaşısı Aydınoğlu Mehmet Bey tarafından kurulmuştur. 1330 yıllarında İzmir ve Urla'yı topraklarına katmıştır. Bu Aydınoğlu Umur Bey ve İbrahim Bahadır Bey tarafından gerçekleştirilmiştir. Aydınoğulları sahilden 4 km içeride yeni bir yerleşim yeri kurmuşlardır. XIV. Y.Y. sonlarına ait bulunan eski kayıtlarda Urla'dan Karye Pazarı olarak bahsetmektedir. Urla ilk kurulduğu yıllardan itibaren bir pazar yeri olma özelliğindedir. Bunda liman ve Çeşme'nin ticaret merkezi olması etken olmuştur. 1390 yılında Osmanlılar'ın eline geçmiştir.